Waarom schrijf je ja met één a en nee met twee e's?
 

Het zou door het tijdstip kunnen komen, maar ik vroeg het mij ineens af

Haha :) geen idee (weer zoiets als nee), maar een goede vraag.. eens kijken of ik wat erover kan vinden ;)

[edit: heb nog niet opgezocht, maar even nadenken denk ik dat t vanwege t volgende is:
1 e op het einde van een woord wordt altijd als "uh" uitgesproken. Zie bijvoorbeeld: einde

1 a wordt overal in het woord als aa uitgesproken tenzij afgebroken door meerdere medeklinkers of 1 medeklinker aan het einde van het woord.

Bij nee moeten er daarom twee klinkers zijn, want anders zou je t uitspreken als nuh
en bij
ja hoeft er daarom maar 1 klinker te zijn, want het woord wordt niet afgebroken door 1 of meerdere medeklinkers.]

nee is eigenlijk afgeleid van neen

ja lijkt mij gewoon een germaanse kreet waarmee ze hetzelfde bedoelden als nu.

Ja, goed, en dan nog? Waarom dan alleen de n eraf halen en waarom niet de 'en'? De 'ja' en 'ne'?

Omdat je 'ne' inderdaad als 'nuh' uit zal spreken, en het moet uitgesproken worden als 'né'.
Een 'a' aan het einde van een woord is altijd lang, dus het voldoet met 1 a.