gel electoforese
 

Hallo, Een vraagje:

Ik heb plasmide-DNA uit een cel gehaald en gezuiverd, en hieronder het resultaat:
http://www.xs4all.nl/~pichon/coen0408.bmp

In slots 1 t/m 4 zitten vier soorten referentie plasmide DNA.
In slots 5,6 zit mijn eigen geisoleerde plasmide DNA.

Die mega grote witte vlekken bij 5 en 6 is RNA.

Maar zijn al die bovenste, meest intense streepje(niet de vlekken) nou alleen mijn plasmide DNA? En die andere streepjes andere onzuiverheden zoals eiwitten e.d.? Ik heb nog niks behandeld met restrictie enzymen hier iig.

Maarja, wat zijn dus al die verschillende fracties in mn gel??

Dit gaat een paar kilometer boven mijn pet.

Ik snap je vraag ja.. alleen bij nr 5 ontbreekt die bovenste intense streep..? Misschien moet je ff kijken naar hoeveel baseparen je plasmide heeft (of dat ongeveer bekend is) en dan op de gel naar je DNA marker kijken bij hoeveel baseparen je streepjes staan.. dat je zo kunt kijken wat logisch is.. misschien zijn de stukjes bij die andere streepjes te klein om nog bij je plasmide te horen? (want je gaat er vanuit dat je maar 1 streepje te zien krijgt als je alles heel netjes hebt gedaan, omdat je 'm niet geknipt hebt, toch?)

Maar wat is de opdracht? Je moet 'm knippen en dan kijken welk van de 4 (ook geknipte) referentie plasmides jij hebt? Dan moet je 'm toch sowieso eerst knippen? Ik heb ook zo'n opdracht gehad, maar tis 1,5 jaar geleden dus ik weet het niet meer zo goed. :o Ik vond het wel erg leuk trouwens. :)

Als het plasmide zeg maar niet geheel zuiver geïsoleerd is (wat je natuurlijk sowieso niet zal lukken ;)) dan kan er nog RNA en genomisch DNA bij zitten geloof ik. Maar als je een agarose gel hebt kun je daar geen eiwitten op zien dacht ik.

Dit is lang geleden, maar er bestonden volgens mij manieren om een goede southern blot uit te voeren en een goede northern blot. De eiwitten hoor je helemaal niet te zien dus ik denk ook niet dat je die hier ziet.

Ik ga morgen even wat informatie zoeken.

Ik ben eruit:).

De andere streepjes zijn andere conformaties van mn DNA (supercoiled enzo), ik heb ethidiumbromide gebruikt als kleurstof, en die gaat zowiezo alleen maar tussen DNA ketens zitten, dus eiwitten konden het zowiezo al niet zijn.