Dat vond ik ook altijd ingewikkeld, ja! Ik weet niet of ik het helemaal goed onthouden heb, maar dit is zoals ik het heb begrepen:
NADH en FADH2 zijn stoffen die geproduceerd worden tijdens de glycolyse en de citroenzuurcyclus. Het zijn een soort ‘dragermoleculen’ van elektronen met een grote energie. In de mitochondriale binnenmembraan bevinden zich enzymcomplexen, die samen de respiratoire keten (of elektronen transport keten) vormen. Via een serie redoxreacties worden elektronen afkomstig van NADH of FADH2 ‘doorgegeven’ door de deze keten. Het eerste complex (NADH dehydrogenase) zet NADH om in NAD+, met daarbij de afsplitsing van H+ en 2e-. De twee elektronen die vrijkomen worden verder doorgegeven langs de respiratoire keten, waarbij ze steeds wat energie verliezen.
Deze energie wordt weer gebruikt om de H+ over de mitochondriale binnenmembraan naar buiten te pompen en zo gaat dat bij de verschillende eiwitten: elektronen worden doorgegeven en protonen worden naar buiten gepompt. Er ontstaat dan een protonengradiënt over de membraan. Deze gradiënt zorgt ervoor dat de protonen terug willen naar de mitochondriale matrix (van het gebied van de hoogste concentratie naar het gebied met de laagste concentratie). Dit kan via een kanaaltje in het ATP synthase, een enzym dat zich ook in de membraan bevindt. De energie die bij deze verplaatsing van de protonen vrijkomt, wordt omgezet in de energie waarmee ADP wordt gefosforyleerd tot ATP.
De elektronen komen uiteindelijk bij het laatste onderdeel van de keten, waar ze reageren met O2 (afkomstig van de ademhaling). Dat is daardoor in staat H2O te vormen met de naar binnen gepompte H+.
Nogmaals, ik weet niet 100% zeker of het zo helemaal klopt, maar ik hoop dat het je wel een beetje duidelijker is.