Het is inderdaad belangrijk dat je goed weet wat een lijdend voorwerp en een onderwerp zijn.
Stel de zin (even héél gemakkelijk):
Il achète un pantalon.
Onderwerp: "Il" De hij-persoon ondergaat de actie (een broek kopen).
Lijdend voorwerp: "Wat/Wie koopt hij"? Een broer -> pantalon = Lv
Nu even deze zin:
(1)Il ne savait pas que son frère a une amoureuse.
Nederlands: Hij wist niet dat zijn broer een 'lief' heeft.
Wat wist hij niet? DAT zijn broer een lief heeft.
Je gebruikt hier 'que' omdat son frère het onderwerp van de betrekkelijke bijzin is.
(2) Il ne savait pas qui a fait ça.
Nederlands: Hij wist niet wie dat heeft gedaan.
Je kunt in dit geval niet zeggen: Wat wist hij niet? Wie ...
Hier moet je duidelijk "Qui" gebruiken want deze vervult als functie het 'onderwerp'. Het is immers de persoon dat de actie ondergaat en dus onderwerp.
Ik hoop dat dit je al een beetje verder helpt. Als je nog vragen zou hebben kan je me altijd pm'en of hier stellen

.