'rassen', op genetische basis

[De Veroorzaker]

Kitten:
In de huidige wereld is het echt heel lastig om nog te spreken van 'rassen', op genetische basis.

Waarom? Juist supermakkelijk, met het in kaart brengen van het genoom van heel veel mensen.

[Kitten]

De Veroorzaker schreef:

Waarom? Juist supermakkelijk, met het in kaart brengen van het genoom van heel veel mensen.

Omdat in bijna alle bevolkinsgroepen grote genetische uitwisseling plaatsvindt. Hoewel dit niet altijd even duidelijk uiterlijk te herkennen is, is er een hele grote geneflow door de groepen heen. Natuurlijk zijn er bepaalde genetische kenmerken die veel voorkomen in een groep (bijv. genetische aanleg sikkelcelanemie), maar dit zijn geen exclusieve kenmerken.

Hoewel het redelijk vaag is, is er wel een redelijk duidelijke definitie van ras. Hierbij gaat het vooral om een bepaalde reproductieve isolatie binnen die groep. Die heeft in het verleden zeker bestaan, maar tegenwoordig is dat heel moeilijk aan te geven.

Of, anders gezegd: Je zou (bijv.) een blank ras kunnen definiëren, maar slechts een kleine groep 'blanken' zou hier bij horen. Bijna iedereen zal binnen die groep genetische kenmerken dragen die niet exclusief zijn voor de groep.

Klinkt dat logisch?

(Voorbeeld: De meeste Europeanen hebben slechts een kleine variatie in hun mitochondriaal DNA (het DNA van je mitochondriën is los van het kern DNA). Dit komt omdat de meeste blanken uit een kleine groep vrouwen is voortgekomen. Het DNA van je mitochondriën krijg je altijd van je moeder. De mitochondrien van je vader breken af na bevruchting. Als er in het verleden een keer een inmenging is geweest van een vrouw uit Azië in de vrouwelijke lijn, is het dus goed mogelijk dat je mitochondrieel niet 'Europeaan' bent)

[Joostje]

Mij lijkt toch duidelijk dat mensen met korrelig oorsmeer inferieur zijn.

[Kitten]

Joostje schreef:

Mij lijkt toch duidelijk dat mensen met korrelig oorsmeer inferieur zijn.

Ik zie dit meer als een taxonomische vraag, niet een sociale vraag

[De Veroorzaker]

Kitten schreef:

Omdat in bijna alle bevolkinsgroepen grote genetische uitwisseling plaatsvindt. Hoewel dit niet altijd even duidelijk uiterlijk te herkennen is, is er een hele grote geneflow door de groepen heen. Natuurlijk zijn er bepaalde genetische kenmerken die veel voorkomen in een groep (bijv. genetische aanleg sikkelcelanemie), maar dit zijn geen exclusieve kenmerken.

Onjuist, databases worden steeds meer uitgesplitst in verschillende groepen/rassen (wat je wilt).

Four custom Axiom genotyping arrays were designed for a genome-wide association (GWA) study of 100,000 participants from the Kaiser Permanente Research Program on Genes, Environment and Health. The array optimized for individuals of European race/ethnicity was previously described. Here we detail the development of three additional microarrays optimized for individuals of East Asian, African American, and Latino race/ethnicity. For these arrays, we decreased redundancy of high-performing SNPs to increase SNP capacity. The East Asian array (712,930 SNPs) was designed using greedy pairwise SNP selection. However, removing SNPs from the target set based on imputation coverage is more efficient than pairwise tagging. Therefore, we developed a novel hybrid SNP selection method for the African American and Latino arrays utilizing rounds of greedy pairwise SNP selection, followed by removal from the target set of SNPs covered by imputation. The arrays provide excellent genome-wide coverage and are valuable additions for large-scale GWA studies.

Hoewel het redelijk vaag is, is er wel een redelijk duidelijke definitie van ras. Hierbij gaat het vooral om een bepaalde reproductieve isolatie binnen die groep. Die heeft in het verleden zeker bestaan, maar tegenwoordig is dat heel moeilijk aan te geven.

Vind ik sowieso een slechte definitie.

Of, anders gezegd: Je zou (bijv.) een blank ras kunnen definiëren, maar slechts een kleine groep 'blanken' zou hier bij horen. Bijna iedereen zal binnen die groep genetische kenmerken dragen die niet exclusief zijn voor de groep.

Klinkt dat logisch?

Klinkt logisch, maar die vallen in het niet bij de overeenkomsten.

[Kitten]

Four custom Axiom genotyping arrays were designed for a genome-wide association (GWA) study of 100,000 participants from the Kaiser Permanente Research Program on Genes, Environment and Health. The array optimized for individuals of European race/ethnicity was previously described. Here we detail the development of three additional microarrays optimized for individuals of East Asian, African American, and Latino race/ethnicity. For these arrays, we decreased redundancy of high-performing SNPs to increase SNP capacity. The East Asian array (712,930 SNPs) was designed using greedy pairwise SNP selection. However, removing SNPs from the target set based on imputation coverage is more efficient than pairwise tagging. Therefore, we developed a novel hybrid SNP selection method for the African American and Latino arrays utilizing rounds of greedy pairwise SNP selection, followed by removal from the target set of SNPs covered by imputation. The arrays provide excellent genome-wide coverage and are valuable additions for large-scale GWA studies.

Ik vind het leuk dat je deze tekst quote (jammer dat er geen bron bij is, want ik heb nu alleen dit). Ik ga niet gelijk zeggen dat je ongelijk hebt, want ik ben ook geen expert op het gebied van genetica.

Zover ik hier kan lezen hebben we te maken met een onderzoekende studie waarbij ongeveer 700.000 enkele base-paren die wel of niet gelijk zijn bij verschillende groepen (in dit geval naar 'ras') gesplitst. Hierbij hebben ze gebruik gemaakt van een genetische (op base-paren gerichte) zoekmachine die hierbij 'greedy' heeft gezocht. (alles wat zou kunnen passen, hoort erbij, in tegenstelling tot 'strict' (geloof ik)).

Deze SNPs (gaat over 1 basepaar) zijn geoptimaliseerd voor de splitsing over deze rassen. Met andere woorden: ze zijn zo gezocht / gekozen dat ze het verschil tussen 'rassen' aangeven. Het zijn echter 'maar' 700.000. Dus tenzij ik het niet goed lees, is het een kleine selectie die selecteert voor 'rassen'. Niet echt een directe ondersteuning voor je argument.

Ik hoor het natuurlijk graag als ik het niet goed snap.

[De Veroorzaker]

Wat je zegt klopt, maar ik wilde ermee aangeven dat DNA van mensen uit verschillende groepen anders reageert en dat je dus vrij makkelijk kunt bepalen tot welke groep iemand behoort. Zeker als je ook nog voldoende haplotypes (stukken DNA die vaak gezamelijk overerven) kunt beoordelen.

[Kitten]

De Veroorzaker schreef:

Wat je zegt klopt, maar ik wilde ermee aangeven dat DNA van mensen uit verschillende groepen anders reageert en dat je dus vrij makkelijk kunt bepalen tot welke groep iemand behoort. Zeker als je ook nog voldoende haplotypes (stukken DNA die vaak gezamelijk overerven) kunt beoordelen.

Ik kan je tot zo ver ook volgen (ik denk dat dat voor een aantal andere lezers niet zal gelden). Toch vind ik het jammer dat in het onderzoek geen cijfers staan over de dekkingsgraad van deze SNP-clusters voor de bevolking, en ik kan met voorstellen dat je ook gecombineerde SNP-clusters krijgt van mensen die ouders uit 2 groepen krijgen.

Hoewel ik het heel leuk vind dat je de bron erbij noemt, weet ik dus niet of ik het met je conclusie eens bent dat je (omdat je genetische markers kan vinden die verschillende bevolkingsgroepen splitsen) daarom ook zicht hebt op het bestaan van rassen. Je bewijst wel dat bepaalde markers veel voorkomen in bepaalde groepen.

Ook is het een tweede vraag wat de genetische verschillen zeggen. Omdat we met genetica te maken hebben, en 'ras' een lagere orde taxonomische indeling is, wordt het heel lastig om aan te geven waar we de indeling moeten maken. Je geeft hier een bron waarin 700.000 markers worden gebruikt, terwijl dat aantal me erg laag lijkt (ik ben niet zo goed hierin hoor ). Ik weet bijvoorbeeld dat bij DNA barcoding een interspecific variation van een klein stukje DNA (dus niet het hele DNA) al ongeveer 7% moet zijn. Waarbij intraspecifieke variatie onder de 0,5% ligt. En barcoding wordt gedaan met een stuk zeer sterk geconserveerd DNA. Ik weet niet precies hoe veel baseparen we in totaal hebben, maar over een geheel genoom gezien, lijkt me 700.000 baseparen een erg klein aantal.

[De Veroorzaker]

Kitten schreef:

Ik kan je tot zo ver ook volgen (ik denk dat dat voor een aantal andere lezers niet zal gelden). Toch vind ik het jammer dat in het onderzoek geen cijfers staan over de dekkingsgraad van deze SNP-clusters voor de bevolking, en ik kan met voorstellen dat je ook gecombineerde SNP-clusters krijgt van mensen die ouders uit 2 groepen krijgen.

http://www.sciencedirect.com/science...88754311001960

Tabel geeft volgens mij de gedeelde varianten aan, dus AFR heeft 574,940 gedeeld met LAT; dat zou inderdaad kunnen betekenen dat je iemand met EAS en AFR voorouders in twee groepen moet indelen.

Array	EUR	EAS	AFR	LAT	Mitochondrial	Y	X	Autosomal	1-rep
EUR	674,518	386,841	384,966	434,028	116	289	13,123	660,990	0
EAS		712,950	303,850	314,794	83	158	13,385	699,324	65,473
AFR			893,631	574,940	98	234	26,264	867,035	429,451
LAT				817,810	123	234	25,397	792,056	282,901

Also, we felt that a single array platform with up to 700,000 SNPs universally applied to individuals of all racial/ethnic backgrounds was not optimal, because it would provide less coverage of lower frequency variation overall. Hence, our compromise was to design race/ethnicity specific arrays, which could provide coverage of both common and rare variation in multiple racial/ethnic groups.

Hoewel ik het heel leuk vind dat je de bron erbij noemt, weet ik dus niet of ik het met je conclusie eens bent dat je (omdat je genetische markers kan vinden die verschillende bevolkingsgroepen splitsen) daarom ook zicht hebt op het bestaan van rassen. Je bewijst wel dat bepaalde markers veel voorkomen in bepaalde groepen.

In biology, races are distinct genetically divergent populations within the same species with relatively small morphological and genetic differences.

Eens met die definitie?

Ook is het een tweede vraag wat de genetische verschillen zeggen. Omdat we met genetica te maken hebben, en 'ras' een lagere orde taxonomische indeling is, wordt het heel lastig om aan te geven waar we de indeling moeten maken. Je geeft hier een bron waarin 700.000 markers worden gebruikt, terwijl dat aantal me erg laag lijkt (ik ben niet zo goed hierin hoor ). Ik weet bijvoorbeeld dat bij DNA barcoding een interspecific variation van een klein stukje DNA (dus niet het hele DNA) al ongeveer 7% moet zijn. Waarbij intraspecifieke variatie onder de 0,5% ligt. En barcoding wordt gedaan met een stuk zeer sterk geconserveerd DNA. Ik weet niet precies hoe veel baseparen we in totaal hebben, maar over een geheel genoom gezien, lijkt me 700.000 baseparen een erg klein aantal.

3.000.000.000 basen dus 700.000 is maar iets van 0,02%
Niet heel veel, maar ze zijn wel zo gekozen dat ze iets zeggen over welke voorouders je hebt en tot welke groep je behoort. Het kan zijn dat je tot twee groepen behoort, maar dat gaat maar voor 1 generatie op.

Voor de stille lezers:
http://nl.wikipedia.org/wiki/Haplotype
http://nl.wikipedia.org/wiki/Single_...e_polymorphism

[mepsteen]

Dit filmpje heeft ook wat inzicht te bieden op deze discussie.



Het gaat vooral in op genetische verschillen binnen bepaalde gebieden, vooral gebaseerd op het voortplanten met andere menssoorten.

[Volk]

Maar als je nou net als ik alles in je hebt zitten, tot wel ras behoor je dan? Of ben ik dan gewoon een bastaard?

[De Veroorzaker]

Volk schreef:

Maar als je nou net als ik alles in je hebt zitten, tot wel ras behoor je dan? Of ben ik dan gewoon een bastaard?

Alles ja?