[SK] Aminozuren

...

Voor school maak ik een project over de Biologische klok. Aangezien we daar ook scheikunde moeten betrekken en we ook iets over DNA/RNA/mRNA hebben kwam ik op aminozuren.

Nu heb ik het scheikunde boek geleend van mijn vriend uit H5 maar ik vind het nog wel lastig te ontcijferen. Ik weet wel wat aminozuren zijn (dat stond weer in het H4 biologie boek) maar ik kom niet zo heel erg veel verder bij scheikunde.

Omdat er in de trefwoordenlijst van het boek ook niet de trefwoorden staan die ik zoek stel ik deze vraag maar hier.

Oke,

1. "Eiwitten zijn ontstaan uit aminozuren. Zoals het woord al zegt bevat een aminozuur molecuul twee karakteristieke groepen : een aminogroep, -NH₂, en een carboxylgroep, - COOH"

Mijn vraag over dit stukje is :
Wat is er karakteristiek aan deze twee groepen? en wat is een carboxylgroep?

2. Verderop staat er de algemene formule van natuurlijke aminozuren. Deze snap ik wel, en dat is oko niet zo moeilijk. Maar nu kom ik bij het volgende : "hierin is de restgroep, aangegeven met R".
Wat bedoelen ze met "de restgroep" ?

Als iemand mij hier mee zou kunnen helpen zou ik heel erg blij zijn

[mathfreak]

Evatjuhhhh schreef op 29-05-2004 @ 14:10 :
Voor school maak ik een project over de Biologische klok. Aangezien we daar ook scheikunde moeten betrekken en we ook iets over DNA/RNA/mRNA hebben kwam ik op aminozuren.

Nu heb ik het scheikunde boek geleend van mijn vriend uit H5 maar ik vind het nog wel lastig te ontcijferen. Ik weet wel wat aminozuren zijn (dat stond weer in het H4 biologie boek) maar ik kom niet zo heel erg veel verder bij scheikunde.

Omdat er in de trefwoordenlijst van het boek ook niet de trefwoorden staan die ik zoek stel ik deze vraag maar hier.

Oke,

1. "Eiwitten zijn ontstaan uit aminozuren. Zoals het woord al zegt bevat een aminozuur molecuul twee karakteristieke groepen : een aminogroep, -NH₂, en een carboxylgroep, - COOH"

Mijn vraag over dit stukje is :
Wat is er karakteristiek aan deze twee groepen? en wat is een carboxylgroep?

Eerst de aminogroep NH₂: er is een bepaald type koolstofverbindingen, de aminen, die je kunt weergeven met de formule R-NH₂, waarbij R in dit geval een alkylgroep (bijvoorbeeld methyl) voorstelt. Als je voor R het waterstofatoom H kiest krijg je H-NH₂, ofwel NH₃. Aminen zijn dus koolstofverbindingen die chemisch gezien verwant zijn aan ammoniak.
Dan de carboxylgroep COOH. Dit wordt ook wel een zuurgroep genoemd in verband met een bepaald type koolstofverbindingen die als alkaanzuren bekend staan en de algemene formule formule R-COOH hebben. Voor R=H krijg je methaanzuur (triviale naam: mierenzuur) en als je voor R de methylgroep kiest krijg je ethaanzuur, dat beter bekend is onder de triviale naam azijnzuur. Deze zuren worden in het Engels carboxylic acids genoemd.

Evatjuhhhh schreef op 29-05-2004 @ 14:10 :
2. Verderop staat er de algemene formule van natuurlijke aminozuren. Deze snap ik wel, en dat is ook niet zo moeilijk. Maar nu kom ik bij het volgende : "hierin is de restgroep, aangegeven met R".
Wat bedoelen ze met "de restgroep" ?

R is afhankelijk van het soort aminozuur waarmee je te maken hebt. In tabel 67 C1 van Binas vind je een overzicht van de 20 bekendste aminozuren. R bevindt zich daar onder aan het linker koolstofatoom van de structuurformule van het aminozuur.

[sdekivit]

algemene structuur is dus: H2N - CHR - COOH

btw: als je over DNA/mRNA enzo hebt lijkt me handig dat je ook weet dat aminozuren polymeren kunnen vormen.

--> lees iets over condensatiereacties en peptidebinding

Mathfreak en sdekivit heel erg bedankt. Ik ben alleen nu weer vast gelopen, dat is niet erg want ik leer wel heel veel.

In binas tabel 67 C1 staat naast sommige aminozuren een ¹

Dat 1tje verwijst naar : Voor de mens essentieel. Dát snap ik nog wel natuurlijk maar daaronder staat : Zie voor bijbehorende condons in het M-RNA tabel 70E

Ik weet wat M-RNA is maar ik weet niet wat condons is en met google kan ik het opzich best wel niet vinden

Weet iemand dit?

En, ik weet ook niet of wat ik nu heb opgeschreven klopt.
@ Mathfreak. Je schreef :

Als je voor R het waterstofatoom H kiest krijg je H-NH₂, ofwel NH₃.

Vervolgens heb je bij de caroboxylgroep dat je R inwisselt voor H. Je hebt dan H-COOH kan je er dan ook van maken : COOH₂ of doe ik nou iets heel erg fout ?

Naja, als jullie me hier nog mee kunnen helpen ben ik blij, want dan heb ik vanuit aminozuren de link naar MRNA en DNA gelegd, en dat was zeker bij het scheikundige deel erg belangrijk

Codons op het mRNA: je hebt op het DNA en natuurlijk ook op het RNA een bepaalde basevolgorde. Je schrijft dat je weet wat het is, daarom leg ik het niet helemaal uit.
Op het mRNA komen de basen A, U, G en C voor.
Als je dan de mRNA code bekijkt, coderen 3 basen voor een bepaald aminozuur. Bijv. AUG codeert voor methionine. De volgende 3 basen zijn weer anders en coderen weer voor een ander aminozuur. Dat kun je allemaal vinden in dat tabelletje.

DNA -> RNA -> aminozuur

[sdekivit]

nee dat wat mathfreak opschreef over van die R een H nemen dat je dan NH3 krijgt is niet waar:

nog een keer: algemene structuur van een aminozuuur =

H2N - CHR - COOH



--> al je die R verandert in een H krijg je dus niet een NH3-groep.

--> je krijgt dan het aminozuur glycine / Gly/ G (zoe binas 67 C1)

bij die zuurgroep is de binding als volgt:

O
||
- C - OH dit is dus de carbonzuurgroep (of carboxygroep)

dus uiteindelijk ziet de structuur er dus zo uit:

H H O
\ | ||
N - C - C - OH waarbij R vervangen kanworden.
/ |
H R

Zijgroepen iets opzij doen natuurlijk

[mathfreak]

sdekivit schreef op 30-05-2004 @ 10:43 :
nee dat wat mathfreak opschreef over van die R een H nemen dat je dan NH3 krijgt is niet waar:

nog een keer: algemene structuur van een aminozuuur =

H2N - CHR - COOH



--> al je die R verandert in een H krijg je dus niet een NH3-groep.

Ik vrees dat hier sprake is van een misverstand. Ik had het bij aminen over het feit dat R een alkylgroep voorstelt. Deze R had dus niets met de restgroep bij aminozuren te maken. Lees in dat verband mijn eerste reply er nog maar eens zorgvuldig op na, dan zul je het zien. Als je dus in de algemene formule voor een amine de alkylgroep door een waterstofatoom vervangt krijg je wel degelijk de formule voor ammoniak.

@Evatjuhhhh: Jouw suggestie om HCOOH te schrijven als COOH₂ lijkt logisch, maar wordt niet gebruikt. Bij een alkaanzuur heb je altijd een alkylgroep R die aan de carboxylgroep COOH is gekoppeld, vandaar dat een alkaanzuur altijd als R-COOH wordt weergegeven en een amine altijd als R-NH₂.

[sdekivit]

klopt --> ik heb alleen dat laatste berich gelezen, vandaar dat ik dus even d8 dat het verkeerd was.

@evatjuh misschien is het handig om even aan je vriend zn binas te vragen. Hier staan namelijk in tabel 103C De groepen met hun karakteristieke groep. een - staat voor een binding met een ander C-atoom

[mathfreak]

sdekivit schreef op 30-05-2004 @ 15:36 :
klopt --> ik heb alleen dat laatste bericht gelezen, vandaar dat ik dus even d8 dat het verkeerd was.

In ieder geval is het misverstand opgehelderd, en daar ging het per slot van rekening om.

sdekivit schreef op 30-05-2004 @ 15:36 :
@evatjuh misschien is het handig om even aan je vriend zn binas te vragen. Hier staan namelijk in tabel 103C De groepen met hun karakteristieke groep. een - staat voor een binding met een ander C-atoom

Dat lijkt me een goede suggestie. Misschien is het ook een idee voor haar om de leraar of lerares een aantal scheikundeboeken van de v.w.o.-bovenbouw te leen te vragen en de hoofdstukken over koolstofchemie die daarin staan eens nader te bekijken.

[EvilSmiley]

@ kivit:
Eigenlijk zit de H van de OH groep vast aan de aminogroep, zodat er een positief geladen N atoom ontstaat en een negatief geladen zuurgroep. Netto geen verschil natuurlijk Maar het verklaart sommige zoutachtige eigenschappen van aminozuren.

mathfreak schreef op 30-05-2004 @ 15:46 :
In ieder geval is het misverstand opgehelderd, en daar ging het per slot van rekening om.


Dat lijkt me een goede suggestie. Misschien is het ook een idee voor haar om de leraar of lerares een aantal scheikundeboeken van de v.w.o.-bovenbouw te leen te vragen en de hoofdstukken over koolstofchemie die daarin staan eens nader te bekijken.

Van mijn vriend heb ik de TOA binas gekregen die hij een keertje geleend heeft maar niet terug gebracht.. dus ik heb wel een binas tnx voor de suggestie

Ondertussen ben ik al bijna weer klaar met mijn gedoe over aminozuren. Mijn mede maatje heeft zo lekker veel gedaan met dat project dat ik ongeveer 6x zoveel heb getypt en zijn 3 pagina's dus ik heb nu écht geen zin meer om verder te werken..